Psihoanalitička psihoterapija je metoda liječenja mentalnih poremećaja koja se temelji na načelima i teoriji psihoanalize. Kao tretman, psihoanalitička psihoterapija nastoji rasvijetliti nesvjesne konflikte i uvjerenja koja pridonose emocionalnoj patnji i zastojima u životu. Psihoanalitička psihoterapija se bavi poteškoćama koje se pojavljuju ovdje i sada, pružajući jedinstvenu priliku za dubinskim razumijevanjem ličnosti. Težište je na istraživanju osjećaja, snova, unutarnjih doživljaja i značajnih odnosa.

Temelji se na pretpostavci da su naše misli, osjećaji i ponašanje oblikovani internaliziranim predodžbama. Te  predodžbe nastaju najvećim dijelom kroz emocionalna iskustva u ranom djetinjstvu  i često nisu dostupne svijesti, ali imaju ogroman utjecaj na sve aspekte života, uključujući i sve odnose, prošle, sadašnje i buduće. U odnosu s psihoterapeutom, pomoću transfera i kontratransfera, ponavljaju se unutarnji obrasci što pruža jedinstvenu mogućnost za promjenu i razvoj.

Tijekom psihoanalitičke psihoterapije stječe se obuhvatnije razumijevanje vlastitog mentalnog funkcioniranja (ekspresivnih i obrambenih aspekata) i dublji uvid u poteškoće s kojima se pojedinac suočava. Uspješna psihoanalitička psihoterapija dovodi ne samo do otklanjanje simptoma, već i do bolje integracije ranije odcijepljenih dijelova selfa u ličnost. Očekujemo poboljšanje sposobnosti pojedinca za ljubav i igru, veću fleksibilnost u nošenju sa životnim poteškoćama, bolje odnose te osjećaj većeg zadovoljstvo i ostvarenosti u životu.

Razvoj psihoanalize i psihoterapije u Hrvatskoj najuže je povezan s radom psihoanalitičara Stjepana Betlheima (1898-1970). Tijekom studija medicine u Grazu i Beču i specijalizacije neuropsihijatrije na klinikama i institucijama u Beču, Zuerichu, Parizu i Berlinu, susreće se s psihoanalizom i ulazi u izobrazbu iz psihoanalize. Postaje članom Bečkog psihoanalitičkog udruženja, a 1928. godine vraća se u svoj rodni grad Zagreb.

U Zagrebu otvara privatnu psihijatrijsku praksu, baveći se pretežno neurozama, a od  1948. godine prelazi na neuropsihijatrijsku kliniku Medicinskog fakulteta u Zagrebu. Godine 1953. profesor Betlheim otvara prvi Psihoterapijski odjel u bivšoj državi, i dalje pri neuropsihijatrijskoj fakultetskoj klinici u Zagrebu. Otada mu je omogućen i nastavnički rad s temom psihoterapije, sa studentima i mladim liječnicima.

Godine 1952. postaje izravnim članom IPA-a. Trening iz psihoanalitičke psihoterapije započeo je prof. Betlheim, sa svojim učenicima prof. Blaževic, prof. Cividini-Stranić, prof. Klain, prof. Nikolić, koji su svi ujedno bili i sveučilišni profesori Medicinskog fakulteta Sveučilišta u Zagrebu.

Godine 1963. osnovana je u Zagrebu i prva Sekcija za psihoterapiju pri Zboru liječnika Hrvatske.

Psihoterapijski odjel neuropsihijatrijske klinike preseljen je početkom 1969. godine u novoizgrađenu zgradu. Dobio je ime Centar za mentalno zdravlje (CZMZ), a 1989. preimenovan je u Kliniku za psihološku medicinu.

Do 1991. godine CZMZ (kasnije Klinika za psihološku medicinu) je bila nacionalna institucija potvrđena kao psihoterapijska institucija. Pružala je usluge psihoterapijskog liječenja temeljenog na psihoanalitičkim osnovama i edukaciju iz psihoanalitičke psihoterapije. Edukacija je sadržavala teorijske seminare, supervizije kod tri supervizora, superviziju vođenja terapije djeteta predškolske dobi kroz godinu dana i adolescenta kroz godinu dana, te tzv. didaktičke analitičke individualne i grupne psihoterapije.

Posebno važan dodatni zamah razvoju psihoanalitičke psihoterapije u nas pružala je organizacija seminara, od kojih je prvi održan 1966. godine u Mokricama, kasnije na Plitvičkim jezerima, s temom edukacije u psihoterapiji. Seminari, s temama iz psihoanalitičke teorije i kliničkim psihoterapijskim prikazima, raspravama u velikoj i malim grupama, te neznatnim preinakama u njihovoj organizaciji i strukturi, održavali su se svake druge godine sljedećih gotovo trideset godina. I danas Hrvatsko društvo za psihoanalitičku psihoterapiju, zajedno s drugim društvima, Hrvatskim psihoanalitičkim društvom,, Institutom za grupnu analizu, Hrvatskim društvom za personologiju, poremećaje prehrane i poremećaje ličnosti organiziraju godišnje tematske skupove u prostoru knjižnice Hrvatske akademije znanosti i umjetnosti i pod njezinim visokim pokroviteljstvom.

Osim ovih skupova organizirani su i seminari s međunarodnim sudjelovanjem, u kojima su predavači i supervizori  bili psihoanalitičari i/ili psihoanalitički psihoterapeuti iz inozemstva.

Iz Sekcije za psihoterapiju Hrvatskog liječničkog zbora razvilo se 1991. godine Hrvatsko društvo za psihoterapiju (i dalje pri Hrvatskom liječničkom zboru, HLZ), čiji je predsjednik bio prof. dr. Muradif Kulenović. Nešto kasnije osniva se Hrvatsko društvo za psihoanalitičku psihoterapiju, kojeg je prvi predsjednik također bio prof. Kulenović. Nakon njega predsjednicom postaje prof. dr. Vlasta Rudan, potom prim. dr. Gorana Tocilj-Šimunković, te sadašnji predsjednik prim. dr. Vedran Bilić.

Hrvatsko društvo za psihoanalitičku psihoterapiju, Hrvatsko psihoanalitičko društvo i Institut za grupnu analizu imali su zajednički razvoj od kraja šezdesetih do sredine devedesetih godina 20. st. kada dolazi do razdvajanja.

Izobrazba psihoanalitičkih psihoterapeuta dugi niz godina odvijala kroz seminare, supervizije i didaktičke grupe. U izobrazbu su bili uključeni svi stručnjaci naše psihoterapijske institucije, Klinike za  psihološku medicinu KBC-a Zagreb i Medicinskog fakulteta Sveučilišta u Zagrebu, ali i psihoanalitički psihoterapeuti iz Splita i Rijeke koji su svoje obrazovanje stekli posredstvom zagrebačke grupe Hrvatskog društva za psihoanalitičku psihoterapiju. Bogata međunarodna suradnja pomagala je širenju i nadopuni znanja iz psihoanalitičke teorije i prakse.
Godine 1996. izmijenjeni su kvalifikacijski kriteriji za pristupnike u izobrazbu iz psihoanalitičke psihoterapije. 2002. godine donesen je novi Statut Hrvatskoga društva za psihoanalitičku psihoterapiju (Croatian Association for Psychoanalytic Psychotherapy), te je tako i pravno reguliran rad našeg Društva neovisno o instituciji unutar koje se razvijala.